In 1962 werd in het Onze-Lieve-Vrouwecollege een klasje geopend voor ‘bijzonder onderwijs’. Deze nieuwe structuur werd gecreëerd om kinderen met leer- en/of persoonlijkheidsproblemen uit het college op een efficiënte en aangepaste manier te begeleiden. Later werden ook kinderen opgenomen uit omliggende gemeente- en parochiescholen.
De positieve ervaringen en de enthousiaste reacties zorgden voor een sterke aangroei en al vrij snel barstten de eerste klasjes uit hun voegen.
In 1968 werd het eerste paviljoen van onze school gebouwd op een achterliggend stuk grond van het college, temidden van een verwilderde boomgaard. De naamkeuze “De Boomgaard” had niet alleen een rijke symbolische waarde, maar was ook logisch gezien het unieke kader waarin de school kon bloeien. De tomeloze inzet en bezieling van de vroegere directeurs -de heren De Baene en Vanparys- samen met een enthousiast lerarencorps vormden de motor voor een verdere uitbouw op materieel en pedagogisch-didactisch vlak.
De huidige omkadering van de gebouwen met ruime groenvoorzieningen, werktuintjes, verkeerspark, dierenpark, robinsonspeelplein en parking kwam niet zomaar als een geschenk uit de hemel gevallen, maar is de vrucht van heel wat idealisme en inzet van personeelsleden en van de sponsoring van het duo Natonale Loterij en VZW Vriendenkring.
De VZW “Vriendenkring van De Boomgaard”, opgericht in maart 1971 , blijft ook nu nog van onschatbare waarde om de school bij tal van projecten financieel te ondersteunen.
In 2003 werd ‘De Boomgaard’ opgenomen in de scholengemeenschap Vrije Scholen ‘t Rycke Velt’. Sinds 2011 werd dit de scholengemeenschap Sint-Trudo.